8月7日、Scientific American が「Why Google DeepMind broke up the AlphaFold team」と題した記事を公開した。8年間、2億件以上の予測、そしてノーベル化学賞——これだけの実績を残したAlphaFoldチームが解散した。Google DeepMindがAlphaFoldチームを解散させた経緯と、その判断の背景にあるAI研究組織の在り方について詳しく紹介する。

ノーベル賞チームが「使命完遂」で解散

Financial Timesが先週報じたところによると、DeepMindは専任のAlphaFoldチームを解体した。メンバーの一部は退社し、AlphaFold2およびAlphaFold3の共同開発者であるJohn Jumperは今年6月にAnthropicへの移籍を発表した。残りの研究者はGoogle内の他プロジェクトか、DeepMindが設立した創薬企業Isomorphic Labsへ異動となった。DeepMindの広報担当者はScientific Americanに対し、多くの異動はすでに1年以上前に行われたと説明している。なお、AlphaFoldの公開データベースと予測サーバーは引き続き利用可能だ。

Isomorphic LabsはDeepMindが2021年に設立した創薬特化の企業で、AlphaFoldが解明したタンパク質構造の知見を医薬品開発へ直接応用することを使命としている。AlphaFoldの技術的成果を受け継ぐ組織という位置づけであり、チームの一部がここへ移ったことは、研究の「次のフェーズ」への自然な移行とも読める。

なぜ解散なのか——「ミッション完遂」という論理

AlphaFoldは2018年、タンパク質折り畳み問題（protein folding problem）の解決を目的として開発が始まった。アミノ酸配列だけからタンパク質の3次元構造を予測するこの問題は、1970年代から研究が続いてきた難題だ。

2020年にはAlphaFold2がCASP（Critical Assessment of Structure Prediction）——実験的に決定されたタンパク質構造との照合による盲検テスト——で圧倒的な成績を残した。2024年にはAlphaFold3がリリースされ、タンパク質単体だけでなくDNA・RNA・創薬候補化合物との相互作用予測にも対応した。同年、JumperとDeepMindのCEOであるDemis Hassabisがノーベル化学賞の共同受賞者となった。

メリーランド大学の計算生物学者でCASPの共同創設者でもあるJohn Moultは、2020年の時点でAlphaFoldは構造予測問題を「おおむね解決した」と評している。今回の解散については「驚くことではない」と語り、こう説明する。

「DeepMindは最初から、成功したかどうかをクリーンな形で示せる問題としてAlphaFoldを位置づけた。外部に示すだけでなく、自分たち自身にも証明するために」

その上でMoultはこう付け加えた。「DeepMindの視点からすれば、やり遂げた。次のミッションは何か、ということだ。」

ハーバード大学医学部の計算生物学者Debora Marksも同じ見方だ。彼女のグループはAlphaFoldの土台となったタンパク質予測手法を先駆的に開発した。

「私も同じことをするだろう。すでに終わっているのに、なぜ続けるのか？」

「おおむね解決」が意味しないこと

ただし「おおむね解決」はあくまでCASPというベンチマークに対する評価だ。構造生物学全体が解決したわけではない。

多くのタンパク質はより大きな分子機械の部品として機能し、動作中に複数の形状を行き来する。それらの動的な状態の変化や分子結合の予測は、依然として難しい。「これらの問題は確かにまだ完全には解決されていない」とMoultは指摘する。AlphaFoldが切り開いた領域の先に、次世代の研究課題が積み残されているという構図だ。

チーム解散後もオープンな研究は続く

DeepMindは2024年にAlphaFold3の推論コードを公開し、モデルの重みも非商用ライセンスのもとで学術研究向けに提供した。商用利用を禁じたこのライセンス条件はコミュニティ内で議論を呼んだが、それでも独立した研究グループが独自のバージョンや拡張版を相次いで開発している。

AlphaFoldの成果はすでにアルツハイマー病や嚢胞性線維症の研究、マラリアワクチンの開発、耐性作物の品種改良など幅広い分野に活用されている。Moultはチーム解散の影響について「AlphaFoldの有用性に深刻な影響はない。なぜなら他の人たちが今それをやっているからだ」と述べている。

研究基盤がコミュニティに継承された今、組織としてのAlphaFoldチームの役割は事実上終わっていた——そうDeepMindが判断したのは、ある意味で合理的な帰結といえる。

詳細はWhy Google DeepMind broke up the AlphaFold teamを参照していただきたい。