WebGPUのコンピュートシェーダーの評価記事が出ています。GPU計算メインなので、本質的にはピクセルシェーダーvsコンピュートシェーダーのお話ですが、WebGL vs WebGPUという文脈はもちろんあって新鮮ですね。

記事中のバッチ処理の単位というのは、GPU内のシェアードメモリを共有する演算ブロック（NVIDIA GPUならStreaming Processor）が一度に扱えるGPUスレッド数を意味します。
（参考： 後藤弘茂のWeekly海外ニュース「NVIDIAの新アーキテクチャGPU「GeForce RTX 30」シリーズ」
https://pc.watch.impress.co.jp/docs/column/kaigai/1275220.html ）

これに収まらない要素数を計算する場合は、途中計算をシェーアドメモリの範疇を超えてのGPU内メモリアクセス（VRAMアクセス）が発生するため遅くなります。

WebGLのピクセルシェーダーはシェアードメモリを活用できていないでしょうから、その結果今回のケースでは3.5倍程度の違いになったということですね。

今回の性能差は、GPU内のメモリアクセス階層の文脈での要因が大きいと思います。