サーバーレスのアプリのため.htaccessを操作しづらい環境があったのでS3からこうやりました。
肝はアップロード時のcontent-encodingとcontent-typeの指定です。これがないとうまく読み込んでくれないです。
gzip --best -f public/js/app.js # app.js.gzが生成される -fつけないと２回目から上書きしてくれない
aws s3 cp public/js/app.js.gz s3://xxxx/ --content-encoding "gzip" --content-type "text/javascript"
<script src="https://xxxx.s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/app.js.gz"></script>
参考
How to: Gzip compression of CSS and JS files on S3 with s3cmd
【Tips】S3 アップロード時に ContentType を指定する